细水阁

使用ubuntu的一些第三方源的时候apt update有可能遇到Could not connect to 错误，如果这是因为apt没有使用系统代理，则可以用如下解决方法

sudo visudo

在打开的文本编辑器中添加设置条目

Defaults env_keep = "http_proxy https_proxy ftp_proxy DISPLAY XAUTHORITY"

reference：

• https://askubuntu.com/a/19298
• http://ubuntuforums.org/showpost.php?p=9845413&postcount=5

把主机当做git服务器使用非常容易

1. 在remote主机创建git服务的用户，这里假设叫gituser

   sudo useradd -m gituser

2. 在remote主机设置ssh公钥

   su gituser
   cd ~
   mkdir .ssh
   vim .ssh/authorized_keys # 复制公钥内容
   chmod 700 .ssh
   chmod 600 .ssh/authorized_keys

3. 在remote主机初始化空想要同步的repo（使用--bare flag）

   mkdir -p ~/path_to/some_test_repo.git
   cd ~/path_to/some_test_repo.git
   git init --bare

4. 在本地电脑添加remote信息并push

   cd some_local/repo_path
   git remote add origin gituser@remote-server-url:/path_to/some_test_repo.git
   git push

参考材料：

• https://git-scm.com/book/en/v2/Git-on-the-Server-Setting-Up-the-Server
• https://www.howtogeek.com/devops/how-to-set-up-a-private-git-server/

每个module都会有__file__属性记录它的路径，以numpy为例

import numpy as np
import os
path = os.path.abspath(np.__file__)

Reference：
https://stackoverflow.com/questions/247770/how-to-retrieve-a-modules-path

需要确保资源正确分配，mpirun可以用如下命令，$ngpu$ 是跨节点的总GPU数，$ngpu_per_node是每个节点的GPU数量

mpirun -np $ngpu -npernode $ngpu_per_node \
    --map-by slot:pe=1 \
    --rank-by slot \
    --bind-to core \
    --report-bindings \
    <commond to run>

作业脚本为了跨节点GPU申请也需要使用额外的设置，这里以slurm为例，应该写成

#!/bin/bash
#SBATCH -N 4 # 节点数
#SBATCH --gres=gpu:8 # 每个节点的GPU个数，对应$ngpu_per_nod
#SBATCH --qos=<gpu资源名称> # 这部分需要参考服务器的说明

在HPC上跑计算时，有时需要指定程序运行的CPU id以便获得更好的性能，下列linux命令可以达到这个目的：

taskset -c 0-5 <command> [arguments for command]

Reference：https://unix.stackexchange.com/a/635992

使用macports直接编译QE，会找不到macports的hdf5库，尝试各种flag设置无果后，改用手工编译HDF5解决

编译安装hdf5

./configure --prefix=$HOME/opt/hdf5 --enable-fortran --enable-parallel  --enable-hl 
make && make install

注意configure时需要添加fortran支持等flag

编译安装QE

configure

F90=gfortran CC=gcc \
BLAS_LIBS="-L/opt/local/lib -lopenblas" \
LAPACK_LIBS="-L/opt/local/lib -lopenblas" \
./configure --enable-openmp --disable-parallel --enable-debug \
            --with-hdf5=$HOME/opt/hdf5

删除不支持的编译flag

生成的makefile会包含一个不支持的flag，-lrt，需要从make.inc中删除

make and test

make pw # only pw.x and related modules
cd test-suite
make run-tests-pw